Proprio come suo padre, le cui abilità erano paragonabili a quelle dei tre Ninja Leggendari (Sannin), Kakashi era considerato un ninja geniale. Si diplomò all'Accademia Ninja a 5 anni, e divenne Chunin a 6. Pochi anni dopo, Sakumo Hatake (la Zanna bianca di Konoha), padre di Kakashi, cadde in disgrazia per aver abbandonato una missione pur di salvare i propri compagni e, dopo essere stato calunniato per quello che venne considarato un tradimento, si ammalò e si suicidò. Da quel momento, Kakashi iniziò a seguire rigidamente i precetti ninja, in particolare quella secondo cui il successo della missione viene prima della salvezza dei compagni di squadra ed il rispetto di tutte le regole.

A 13 anni Kakashi diventò Jonin, soprattutto perché la Terza Guerra Mondiale dei Ninja richiedeva un elevato numero di ninja. Come regalo di promozione, gli fu assegnato il comando del suo team in una missione di sabotaggio nel Paese delle Rocce con i compagni Obito Uchiha e Rin. Durante la missione Rin fu catturata dai ninja della roccia e Obito intendeva andare subito a salvarla, ma Kakashi gli rispose di concentrarsi sulla missione, per evitare di commettere lo stesso errore del padre. Nonostante l'opposizione di Kakashi, Obito andò comunque a salvare Rin, non prima di avergli detto che secondo lui la Zanna Bianca della Foglia era un grande eroe. Kakashi così decise di aiutarlo, ma nello scontro con i nemici perse l'occhio sinistro. Obito, per aiutarlo, riuscì ad attivare per la prima volta il suo Sharingan, ma poco dopo aver salvato Rin, l'Uchiha rimase sepolto per metà sotto una frana causata dai nemici per salvare il suo Jonin. Sapendo di essere in fin di vita, Obito decise di regalare a Kakashi, come regalo per la sua promozione a Jonin, il suo occhio con lo Sharingan, facendolo trapiantare da Rin. Kakashi entrò successivamente a far parte della squadra Anbu di Konoha, con cui lavorò per vari anni, guadagnandosi grande fama.

Dalla morte dell'amico, Kakashi cambiò, diventando più simile a Obito sotto alcuni aspetti, soprattutto considerando di più il lavoro di squadra. Per questo motivo l'esame a cui sottopone i suoi allievi è quello di riuscire a rubargli due campanelli; per dei Genin riuscirci è impossibile senza un buon lavoro di squadra infatti nessuno prima di Naruto, Sakura e Sasuke era mai riuscito a passare un esame avendo come maestro Kakashi. Kakashi tuttavia ha ereditato da Obito anche la tendenza ad essere sempre in ritardo, e la capacità di inventarsi sempre una nuova scusa per giustificarsi; in realtà i suoi ritardi sono dovuti al fatto che ogni giorno si reca alla tomba degli "eroi" del Villaggio, i ninja morti durante missioni o guerre, a trovare il suo amico.