Naruto Shippuuden è la seconda saga dell’omonimo fumetto, ed è ambientata due anni e mezzo dopo la fuga di Sasuke dal paese della foglia per recarsi ad Oto, il Villaggio del suono il cui Kage è Orochimaru, per ricavare potere con maggiore velocità apprendendolo da quest’ultimo.

La storia incomincia con un diretto balzo cronologico, ed inizia con il ritorno di Naruto Uzumaki a Konoha dopo un viaggio d’addestramento con il suo Sensei Jyraya durato quasi tre anni.
In questa parte, il protagonista rincontrerà il suo ex Maestro Hatake Kakashi, e la sua ex compagna di corso Haruno Sakura. Dopo aver passati alcuni capitoli introduttivi per riconciliare i nostri eroi, Kakashi proporrà ai suoi vecchi alunni di ritentare “la prova del campanello” per testare i loro miglioramenti.
Questi, si riveleranno così visibili, che il bizzarro jonin sarà costretto ad utilizzare il suo sharigan per resistere alla coppia, ma inutilmente in quanto riusciranno comunque a sottrarre i sonagli grazie ad un innocente inganno ideato da Naruto.

I capitoli seguenti, verranno ambientati a Suna, e si verrà a scoprire che Kankuro e Temari son passati a Jonin e Gaara è stato “incoronato”addirittura KazeKage.
Dopo la felice Notizia, la scena passerà all’entrata di due nuovi membri dell’akatsuki mai visti né citati fino a quel Momento: Deidaara e Sasori no Danna, i quali si son recati nel Paese delle Sabbie proprio per catturare la monocoda (Quindi Gaara stesso).

Il duello sarà tra i il primo citato dei due membri di Alba contro l’ormai noto capovillaggio di Suna.
Deidaara, grazie alla sua abilità innata è in grado di modellarla l’argilla e di dargli fattezze animali per poi renderla esplosiva e utilizzarla come arma offensiva contro il nemico. Ma lo scudo di Sabbia di Gaara si dimostrerà una difesa invulnerabile anche in questo caso.
Nonostante ciò, la monocoda perderà l’incontro grazie ad uno stratagemma piuttosto vigliacco ideato dal mukenin del paese delle rocce: esso creerà infatti un enorme bomba e tenterà con essa di distruggere l’intera Suna. Gaara per evitare la distruzione del proprio villaggio, utilizzerà tutta la sabbia del deserto per utilizzarla come una cupola paraurto: ma questo gli farà abbassare la guardia e permetterà al suo avversario di colpirlo fino a renderlo privo di sensi.

A quel punto, Kankuro proverà a salvare suo fratello durante il rapimento, e durante l’inseguimento si troverà ad affrontare Sasori, il secondo membro del duo akatsuki.
Ogni marchingegno segreto delle marionette di Kankuro risulterà inefficace contro questo avversario: questo perché Sasori non è altri che l’ideatore di tali marionette.
Una volta aver neutralizzato tutte e tre i burattini, Sasori intossicherà il corpo del suo avversario con un misto di veleni che combinati provocano la morte dopo pochi giorni.

I capitoli seguenti, verranno riambientati a Konoha, dove Naruto, Sakura e gli altri verranno informati dei recenti fatti avvenuti a Suna e così inizierà la prima missione imposta dall’hokage in persona del neo – Gruppo 7, formato ovviamente dai vecchi membri escluso sasuke.

I nostri protagonisti una volta giunti a Suna, incontreranno una sennin del villaggio nonché marionettista e ninja medico: Chyo.
Per prima cosa, Sakura estrarrà dal corpo le tossine del veleno iniettato in Kakuro nello scontro contro Sasori salvodogli così la vita.
Dopo una breve introduzione della vecchia e dei rapporti tra Gaara e Naruto raccontati dal fretello del primo citato, il gruppo 7 assieme alla sennin del paese della Sabbia, sono pronti a partire per il salvataggio del Kazekage.
Assieme a loro, si uniranno come squadra di supporto anche quella di Gai, composta dai neo chuunin rock lee e ten ten, e dal neo jonin Neji.

Quest’ultimi nel loro percorso incontreranno un membro dell’akatsuki già conosciuto nella prima saga, nonché compagno di Itachi: Kisame Hoshigaki, mentre il gruppo di Naruto incontrarà Itachi stesso.

Il duello sarà relativamente breve, e ambo le squadre di Konoha riusciranno a vincere contro i potenti mukenin. Ma una volta sconfitti, scopriranno che i due ninja uccisi non erano realmente ora, ma delle copie vere e proprie in grado di utilizzare tutte le capacità dell’originale sfruttando un altro corpo.

Una volta avvenuti questi scontri, Naruto e i suoi compagni si troveranno finalmente nella sede dell’akatsuki, ma la porta è sigillata e l’accesso è impossibile a meno che non si rimuovano “i blocchi”.
Proprio per tal ragione, il team di Gai si dividerà nuovamente da quello di kakashi proprio per distruggere le protezioni e consentire l’accesso nella grotta in cui è custodito Gaara.

Una volta sbloccata, gli shinobi della Foglia troveranno all’interno della grotta Deidaara assieme a Sasori, seduti sul cadavere di Gaara: la monocoda era già stata estratta ed il jinnchuuriki è deceduto dopo l’estrazione del Bijuu stesso.
A questo punto, Deidaara scapperà con il corpo di Gaara in volo di un pellicano creato con l’argilla inseguito da Naruto e Kakashi che tenteranno di reimpradorsi del loro amico, mentre Sakura e Chiyo dovranno scontrarsi contro Sasori.

A questo punto si scoprirà che la sennin di Suna non è altri che la nonna di quest’ultimo. Si verrà a sapere inoltre che Sasori è l’unica persona al mondo di creare marionette umane: identiche alle marionette, ma con la differenza che queste hanno il potere di utilizzare il chakra del ninja, potendo così utilizzare tutte le justu e le abilità di esso.
L’abilità di ninja marionettista è determinata dal numero di marionette che esso può utilizzare in un combattimento allo stesso momento: se kankuro ne sa usare 3, Chiyo ne è in grado di utilizzare dieci; ma a grande sorpresa, Sasori è in grado di utilizzarne 100. Questo vuol dire che potenzialmente è 10 volte più forte di sua nonna.

Sasori in aggiunta, ha trasformato quasi totalmente il suo corpo in una marionetta tranne un unico sigillo posto nel cuore, necessario all’utilizzo del chakra, nonché suo unico punto debole, infatti se non si colpisce quel preciso punto, lo scorpione rosso di alba è sostanzialmente immortale.

Lo scontro si rivela impari: Chiyo e Sakura combinate insieme non reggono il confronto con Sasori, il quale si dimostra già da subito nettamente superiore.
Ma utilizzando le marionette dei suoi genitori, la vecchia ninja suprema di Suna riuscirà a coglierlo di sorpresa per un istante, un istante necessario per colpirlo nel suo unico punto vitale e vincendo così lo scontro.

Durante la fase di morte, Sasori rivelerà a Sakura informazioni su Orochimaru in quanto, quando questo era membro di Alba, ne faceva coppia e solo dopo la sua morte, Chiyo confesserà che è stato Sasori a farsi colpire volontariamente, perché, sotto suo giudizio, egli si era accorto dell’imboscata e lo avrebbe potuto evitare il colpo.

Tornando all’inseguimento di Deidara invece, Kakashi per contrastare la sua fuga, utilizzerà la sua nuova justu, scoprendo così anche il suo nuovo sharigan.
La sua nuova tecnica si dimostrerà in grado di alterare lo spazio e il tempo nel punto in cui l’occhio con lo sharigan focalizza la sua visuale, potendo così distorcere le dimensioni e la materia.
In questa maniera, strapperà senza remore un braccio al mukenin il quale sarà costretto a nascondersi in una foresta.
Ma tra un pensiero e l’altro, non si accorgerà  di Naruto, il quale comparendogli alle spalle, lo colpirà ripetutamente fino a farlo cadere a terra.
Nel mentre arriverà anche la squadra di Gai, e deidara per fuggire, creerà una sua copia per poi farla esplodere, concedendogli così il tempo necessario per fuggire senza farsi notare, ma lasciando al gruppo il corpo morto di gaara, riuscendo così nel loro intento.

Le scene seguenti verranno riambientate nella città di Suna, e Chiyo grazie ad una justu che è sua unica prerogativa utilizzare e all’aiuto del chakra di Naurto, sacrificherà la sua vita per restituirla a Gaara, morendo così eroicamente.