Pain (o Pein) è l'appellativo di cui Nagato si avvale per indicare i sei corpi che controlla tramite l'abilità del Rinnegan .
Nagato è in grado pertanto di scomporre i poteri unici di questa abilità innata .
Ad ognuno di loro è associato uno dei mondi ultraterreni del mondo buddista. Ognuno dei sei corpi è ricoperto di barre di ferro trasmittenti chakra, che permettono di controllare i sei corpi. E' importante dire che ognuno dei sei corpi di Pain è un derivato di un corpo morto al quale vengono applicati questi "trasmettitori di chakra". Particolare di ognuno dei sei corpi è la presenza di capelli arancioni.

Ninjutsu

• Tecnica della Sostituzione del Corpo
• Tecnica della Trasformazione del Corpo
• Tecnica della Moltiplicazione del Corpo
• Arte del Vento - Palmi dell'Uragano (Fuuton - Reppusho)
• Arte dell'Acqua - Violenta Onda Acquatica (Suiton - Mizurappa)
• Tecnica di Conversione della Forma (Shoten no Jutsu)
• Affiorare dell'Attaccante Rispecchiato (Kyomen Shuja no Jutsu)
• Tecnica del Controllo della Pioggia (Ukojizai no jutsu)
• Shinra Tensei (Deva) (Nagato)
• Bansho Ten'in (Deva) (Nagato)
• Chibaku Tensei (Deva) (Nagato)
• Dardo Ardente (Kaiwan no Hiya) (Ashura)
• Tecnica del Richiamo (Kuchiyose no Jutsu) (Tiryag-yoni) (Nagato)
• Kuchiyose Gedo Mazo (Nagato)
• Gedo Rinne Tensei (Nagato)

Genjutsu

• Tecnica dell' Illusione Interrogatoria (Naraka) (Nagato)
• Scudo Mentale (Nagato)

Fuunjutsu

• Tecnica di Confinamento: Sigillo dei Nove Draghi (Fuin Jutsu: Genryu Kyu Fujin)
• Barriera a Cinque Sigilli (Gofuu Kekkai)

Abilità Speciali

• Camminare sulle pareti verticali e sulle superfici dell' acqua
• Alterazione delle proprietà del chakra (Fuoco, Vento, Acqua, Fulmine, Terra)
• Facile apprendimento di ogni tecnica (Nagato)
• Vedere il Chakra esterno e interno (Nagato, tutti i corpi)
• Conoscenza vastissima delle tecniche (Nagato)
• Telepatia con i membri d'Alba
• Lancio missili (Ashura)
• Controllo lama seghettata (Ashura)
• Apertura della testa per rilasciare una gigantesca esplosione (Ashura)
• Leggere la mente (Manusya) (Nagato)
• Strappare le anime (Manusya) (Nagato)
• Percezione di persone tastando il suolo (Manusya) (Nagato)
• Assorbimento dei Ninjutsu (Preta) (Nagato)
• Assorbimento del Chakra (Preta) (Nagato)
• Resurrezione degli altri corpi di Pain (Naraka) (Nagato)
• Controllare corpi a distanza (Nagato)
• Utilizzare tutte le tecniche dei 6 corpi (Nagato)
• Controllo della vita e della morte grazie all' utilizzo del Gedo Rinne Tensei (Nagato)

- Nagato

Nagato è il vero possessore del rinnengan. Fu allievo di Jiraya ed era in team con altri due ninja del villaggio della pioggia di nome Konan e Yahiko.
Durante la grande guerra, perse entrambi i genitori a causa di due ninja di Konoha. Diventato orfano, girò per il paese alla ricerca di cibo e ospitalità, fino a quando non incontrò altri due orfani di guerra come lui Konan e Yahiko.
Da quel mento iniziò in lui a crescere un sentimento di odio e di rivoluzione alimentato anche dall'amico Yahiko. Dopo tre anni di addestramento insieme a Jiraya , il sannin li considerò maturi e pronti per essere indipendenti .
Da quel momento il trio Konan, Nagato e Yahiko combatterono contro il tiranno che oppressava il villaggio della pioggia: Hanzo delle Salamandre .
Egli infatti, per timore di perdere il proprio dominio sul villaggio si era alleato a Danzo e ad i suoi Anbu, che in cambio lo avrebbe aiutato a diventare Hokage .
Messo davanti ad un ultimatum di Hanzo,che aveva rapito Konan minacciando di ucciderla, fu obbligato ad uccidere l'amico Yahiko o morire insieme alla ragazza .
Nagato, non volendo uccidere l'amico, viene costretto da Yahiko stesso a compiere l'omicidio. Morto Yahiko , si scatena in Nagato un sentimento di rabbia che culmina con il richiamo del dio della morte, che (assorbendo l'energia vitale dello stesso Nagato che si ritrova poi ridotto a un essere scheletrico) uccide tutti i nemici presenti, ad eccezione di Danzo e Hanzo che riescono a scappare.
Anni dopo fonda l'Akastuki insieme a Konan e a Madara. Dopo l'attacco a Konoha con l'obbiettivo di catturare Naruto e la volpe a nove code che tiene dentro di sé. Dopo che Naruto sconfigge Pain, localizza il covo di Nagato , trovandolo ancora sotto forma di essere scheletrico. Qui narra a Naruto la causa del suo odio per questo mondo ricco di guerre e dolore . Naruto allora ribatte ,dicendo che Jiraya aveva sempre creduto in lui e che il protagonista vero dei suoi famosi romanzi era proprio lui e che in questi libri veniva raffigurato come un giovane con l'idea della giustizia e del dovere ,il cui obbiettivo finale era la pace e non il dolore, perchè dal dolore nasce solo dolore .
Detto questo Nagato si commuove e si ricorda dei suoi antichi obbiettivi quali la pace nel mondo dei ninja e l'assenza del dolore causato dalle guerre .
Nel tentativo di riparare alle sue opere di male e agli omicidi commessi in passato, con le ultime forze che gli rimangono richiama il dio della morte e riporta in vita tutti quelli che avevano perso la vita e l'anima durante la battaglia di Konoha, come ad esempio Shizune e Kakashi .
Infine muore, sperando di aver fatto la cosa giusta credendo in Naruto. Konan poco dopo sparisce portando con sé i corpi senza vita dei vecchi compagni: Yahiko ,come regno divino e Nagato ,come ultimo possessore del Rinnegan .

1. Il Regno Divino - Deva

E’ il corpo che Nagato usa per interagire con il mondo esterno data la sua poca mobilità. Un tempo era il corpo di Yahiko.

E' in grado di controllare la gravità attraverso lo Banshou Ten'in per attrarre a se e lo Shinra Tensei per allontanare. Tra un attacco e l'altro c'è una pausa di circa 5 secondi nella quale, nello scontro tra Pain e Konoha, Kakashi e Choji cercano di contrattaccare. Proprio tramite lo Shinra Tensei ( potenziato a tal punto che gli altri cinque corpi hanno dovuto allontanarsi dalle rispettive battaglie ) egli è riuscito a sradicare Konoha formando un'immenso cratere .Inoltre è in grado di creare una sorta di buco nero che , nel cielo attrae a se tutto quello che è nelle vicinanze. Viene definitivamente sconfitto da Naruto dopo aver causato la “morte” di Kakashi , quasi quella di Choji e di molti altri abitanti del villaggio della foglia.

2. Regno Infernale - Naraka

Colui che come potere può risucchiare le anime attraverso una sua evocazione. Ttramite lui inoltre è possibile far tornare in vita i precedenti corpi di Pain  che potrebbero essere stati uccisi o distrutti. Attraverso i suoi attacchi, estrae l'anima direttamente dalla bocca della vittima, per finire in bocca ad un'evocazione di questo corpo. Lo vediamo affrontare Ebisu con poi l'intervento di Konohamaru, che lo abbatterà momentaneamente con un rasengan.

3. Regno Demoniaco - Ashura

Colui che ha il potere di modificare meccanicamente il suo corpo. E' lui che mutila inizialmente Jiraya .
Durante l'assalto a Konoha causa caos e distruzione per via dei suoi attacchi più fisici e potenti rispetto agli altri corpi. Viene distrutto inizialmente da un pesante attacco di Choji e Choza Akimichi. Viene sconfitto definitivamente da Naruto in versione eremita .

4. Regno Umano - Manusya

Colui che può leggere nella mente delle persone strappandone via le conoscenze. Faceva parte del trio iniziale che combatté contro Jiraya. Ha la particolarità di poter leggere nella mente posando solo la mano sulla testa della vittima .
In questa occasione riuscì a strappare le informazioni dalla mente di Shizune, scoprendo dove era Naruto. Inoltre è in grado di strappare letteralmente l'anima dal corpo della vittima (così come Sarutobi tentò di fare con Orochimau ). Questo corpo è la dimostrazione della potenza e della forza del Rinnegan.

5. Regno Animale - Tiryag-yoni

Colui che evoca creature mostruose . Nello scontro contro Jiraya, Pain combatte principalmente con questo corpo, che evoca tori, cani, uccelli, rinoceronti,millepiedi, granchi e camaleonti.
Questo corpo è in grado inoltre di utilizzare tecniche elementari di alto grado. Una volta sconfitto e ucciso, questo corpo fu inviato a Tsunade per essere analizzato.
Infatti in seguito Shizune esegue l'autopsia scoprendo dei trasmettitori di chakra. In seguito scopriamo che il nuovo regno animale ( una giovane ragazza anch'essa dai capelli rossi) era un cadavere consegnato a Konan da uno dei ninja traditori del villaggio della pioggia.

6. Regno degli spettri divoratori - Preta

Colui che è in grado di assorbire qual si voglia attacco ingerendolo . Anch'egli ha fatto parte del trio che venne sconfitto in un primo momento da Jiraya. In seguito lo ritroviamo a Konoha, e nel combattimento tra Naruto e i sei corpi di Pain appare evidente come egli sia uno dei più tenuti in considerazione da Pain,tant' è che è tra gli ultimi ad essere sconfitto. Viene pietrificato per colpa del chakra eremitico che aveva assorbito da Naruto.